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Semestre1
Modified 17 November 2023
English-BAS
Modified 23 March 2020
Semestre 2
Genomique fonctionnelle et Regulation de l'expression génétique
Dans le premier ECUE "Régulation de l'expression génétique", nous présentons certains exemples de régulation de l'expression génétique chez les procaryotes (opérons lactose, arabinose et tryptophane), les virus (gènes contrôlant le cycle biologique des phages T4 et lambda et du virus SV40) et les eucaryotes où il est question de traiter la régulation de l'expression des gènes au niveau transcriptionnel (interactions séquences cis-régulatrices/facteurs trans-régulateurs, sans doute le niveau de contrôle le plus important), post-transcriptionnel (épissage des transcrits, éditing, modification voire dégradation des ARNm par les petits ARN), traductionnel et post-traductionnel faisant intervenir les événements de phospohrylation et d'Ubiquination. Un chapitre consacré à la régulation de l'expression génétique au niveau de la chromatine (remodelage de la chromatine et modification des histones) est également évoqué. Enfin, nous exposons quelques techniques d'étude de l'expression génétique aussi bien au niveau transcriptionnel que traductionnel (conception de fusions plasmidique ou chromosomiques avec des gènes rapporteurs, transferts Northern et Western, comparaison de transcriptomes par électrophorèse bidimensionnelle, mise en évidence de la fixation d'une protéine sur un ADN par "DNA mobility shift assay" et identification de la séquence régulatrice par footprinting…).
Le
deuxième ECUE "Génomique structurale et fonctionnelle" s'articule autour de deux grands chapitres : la
génomique structurale et la génomique fonctionnelle. La
génomique structurale s'intéresse à définir la structure des séquences d'ADN
fonctionnel et non fonctionnel, à leur nature et aux principes selon lesquels
elles sont organisées au sein des génomes. En outre, ce chapitre comporte tout
un volet traitant des marqueurs moléculaires et leur utilisation dans
l'assemblage des cartes physique. La métagénomique qui est une méthode
relativement récente de séquençage et d'étude du contenu génétique d'organismes
non cultivables est également abordée. Par opposition à la génomique
structurale, la génomique fonctionnelle s'intéresse à définir la fonction de tous les gènes
d'un génome, et inversement, identifier les gènes du génome responsables d'une
fonction bien déterminée. Elle repose, pour cela, sur diverses approches dont
nous examinons (i) celle dite comparative fondées sur l'inactivation génique
soit par mutagénèse in vivo ciblées ou bien par "gene silencing" via
les ARN interférents ; (ii) l'approche aléatoire par mutagenèse insertionnelle
de transposons ; (iii) les approches de transcriptomique fondées sur les
systèmes de piégeage de promoteurs à activité transitoire et sur l'analyse de
l'expression différentielle des gènes. Sont également traitées les
méthodes permettant de déterminer la localisation subcellulaire des
produits des gènes et leur éventuelle interaction avec des molécules cibles.
Ces dernières fournissent des détails supplémentaires quant
à la fonction du gène en question"
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